Temat: Oferta studiów doktoranckich na W.Biologii UW -...

Chcę zwrócić Waszą uwagę na ogłoszenie umieszczone na stronie Wydziału Biologii UW, gdzie również znajdziecie więcej informacji nt. rekrutacji.

Tematyka: Profil ekspresji genów w liściach kukurydzy poddanej działaniu chłodu ostrego (<10oC)

Opiekun naukowy: dr hab. Paweł Sowiński, email: pawes@biol.uw.edu.pl

Zakres badań: Od szeregu lat czynione są próby poznania podłoża wrażliwości kukurydzy na chłód, a także eliminacji bądź ograniczenia ekspresji tej cechy. Wynika to ze znaczenia gospodarczego tego gatunku. Badania takie mają też bardzo duże znaczenie poznawcze, gdyż prowadzą do lepszego zrozumienia mechanizmów reakcji roślin na niekorzystne warunki środowiska. Obecny rozwój metod biologii molekularnej pozwala na nowe podejście do tematu. W szczególności możliwa jest ocena profilu ekspresji bardzo wielu genów na poziomie transkryptu. Dzięki temu można uzyskać kompleksowa odpowiedź, które z genów lub grup genów są odpowiedzialne za zmiany fizjologiczne obserwowane u roślin w warunkach stresu.
Projekt będzie dotyczył analizy porównawczej wzoru ekspresji genów w liściach siewek kukurydzy poddanych działaniu chłodu. Do tego celu wykorzystane będą stosowane w naszej grupie mikromacierze zawierające sondy molekularne ok. 57,000 genów, cDNA i EST kukurydzy i innych gatunków roślin oraz zestaw sond kontrolnych. Mikromacierze zostały opracowane w ramach Maize Oligonucleotide Array Project ( http://maizearray.org/). Po eksperymentalnej identyfikacji genów, których ekspresja zmieni się specyficznie w odpowiedzi na chłód i weryfikacji, przeprowadzona będzie analiza informatyczna sekwencji nukleotydowych ich obszarów regulatorowych.
Wymagania: Projekt będzie wykonywany w ramach grantu finansowanego ze środków zewnętrznych, zgodnie ze ścisłym harmonogramem. Ponadto, technika mikromacierzy stanowi poważne wyzwanie metodyczne i intelektualne, a ze względu na wysoki koszt mikromacierzy i odczynników nie pozostawia dużego marginesu błędu. Potrzebna jest więc sprawność manualna, staranność i duża systematyczność w pracy laboratoryjnej, a także – co szczególnie ważne - umiejętność pracy w zespole. Znajomość technik biologii molekularnej jest pożądana, choć nie stanowi warunku koniecznego. Istotne jest natomiast obeznanie w podstawowych narzędziach bioinformatycznych, a przede wszystkim zdolność do opanowywania nowych programów, w szczególności statystycznych i do analizy wyników mikromacierzy (w naszej dyspozycji jest program JMP Genomics, stanowiący nakładkę systemu SAS). Konieczny kontakt osobisty z opiekunem po uzgodnieniu terminu spotkania e-mail: pawes@biol.uw.edu.pl, bądź telefonicznie: 0-22 55 43 920; 501 413 764.