GoldenLine
Zaloguj się
Aleksandra Boruszewska

Aleksandra Boruszewska Student, Uniwersytet
Łódzki

Temat: bioinformatyka

Witam!!!

Mam problem z następującym tematem: mam znaleźć nazwę genu kodującego białko MYG_LUTLU, sekwencję tego genu w formacie FASTA oraz kila informacji o nim (na której nici i którym chromosomie leży ten gen).

Za wszelkie rady będę bardzo wdzięczna!!

Pozdrawiam Ola
Link do wypowiedziLink
Marcin Siatkowski

Marcin Siatkowski Data Science Expert

Temat: bioinformatyka

Witam,

bardzo dobrym źródłem informacji dla bioinformatyków jest strona NCBI, która składa się z wielu baz danych związanych głównie z genetyką. Encyklopedia dla ludzi z tej dziedziny. Żebyś nie musiała za dużo ogarniać, jak i gdzie szukać, tutaj masz stronę o proteinie MYG_LUTLU:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/118595782

znajdziesz tam wszystkie informacje których szukasz.

Pozdrawiam
Marcin
Link do wypowiedziLink
Aleksandra Boruszewska

Aleksandra Boruszewska Student, Uniwersytet
Łódzki

Temat: bioinformatyka

Bardzo dziękuję za zainteresowanie postem:)

Podczas wykonywania zadania również patrzyłam na ten raport oraz raport UniProtKB, teraz go jeszcze raz dokładnie przeanalizowałam, ale w nich zawarta jest tylko nazwa genu kodującego to białko (Gene names = MB). Jednak sekwencja, która koduje to białko nie jest podana, a na niej mi najbardziej zależy. W GenBank po wpisaniu w zapytanie dla Nucleotide Lutra lutra MB i pokrewnych danych nie ma raportu do tego genu. Z tego wynika mój problem, że przeszukałam wszystkie znane mi bazy, a potrzebnej informacji nie znalazłam.

Marcinie, wiesz może co z tym w takim przypadku zrobić? Będę wdzięczna za każdą poradę:)
Link do wypowiedziLink
Marcin Siatkowski

Marcin Siatkowski Data Science Expert

Temat: bioinformatyka

hej,

pytałaś się o sekwencje w formacie FASTA, jest ona na samym dole w linku którym podałem. Również na tej samej stronie jest link (po lewej u góry pod dużym napisem "RecName: Full=Myoglobin") do osobnej strony, gdzie również jest podana sekwencja w formacie FASTA:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/118595782?report=f...

jakie jeszcze informacje potrzebujesz?
Link do wypowiedziLink
Aleksandra Boruszewska

Aleksandra Boruszewska Student, Uniwersytet
Łódzki

Temat: bioinformatyka

Potrzebuję sekwencję nukleotydową genu kodującego białko MYG_LUTLU. Tam gdzie mówisz jest sekwencja aminokwasowa białka a nie nukleotydowa kodująca to białko:) Potrzebuje też informacje na jakiej nici DNA znajduje się ten gen i na którym chromosomie.
Link do wypowiedziLink
Marcin Siatkowski

Marcin Siatkowski Data Science Expert

Temat: bioinformatyka

hej,

nie wiem czy taką informację znajdziesz. Na NCBI jest zarejestrowanych tylko 35 genów dla lutra lutra, wśród nich nie ma MB. Nie używam innych baz danych aniżeli NCBI, więc ciężko mi powiedzieć czy taka informacja w ogóle istnieje.

Pozdrawiam
Marcin
Link do wypowiedziLink
Aleksandra Boruszewska

Aleksandra Boruszewska Student, Uniwersytet
Łódzki

Temat: bioinformatyka

Właśnie dzisiaj rozmawiałam z prowadzącym ćwiczenia i też powiedział, że takie informacji po prostu nie ma w bazach danych:)

Dziękuje Ci Marcinie za pomoc, oby takich ludzi było więcej na świecie:D

Pozdrawiam serdecznie
Link do wypowiedziLink
Marcin Siatkowski

Marcin Siatkowski Data Science Expert

Temat: bioinformatyka

Dziękuję za miłe słowa :)

Powodzenia z bioinformatyką,
pozdrawiam serdecznie,
Marcin
Link do wypowiedziLink
« Wróć do tematów
Odpowiedz

Podobne tematy


Następna dyskusja:

praca dla bioinformatyka?




Wyślij zaproszenie do
Anuluj