Basia B

Basia B Opis

Temat: Wyszukiwanie par w macierzy w R

Witam, jestem dość początkująca w programie R i mam problem z jednym zadaniem. Mam macierz i wektor. Przykładowa macierz:

    gen1      gen2     gen 3 .....

a    NA         NA      NA

b    1         3        1

c    4         1        1

d    NA       NA       NA

itd.


Muszę zestawić pary genów z mutacją z genami bez mutacji z tego samego wiersza. Tzn chcę uzyskać mniej więcej coś takiego:

b      gen 2      gen1

b      gen2       gen3

c      gen1       gen2

c     gen1       gen3


Próbowałam na dwa sposoby,

ind= which(! is.na(macierz) & ! is.nan(macierz), arr.ind = TRUE)

ind1=which(macierz==1,arr.ind = TRUE)

ramka= data.frame(

  kolumna = rownames(macierz)[ ind[,"row"] ],

  gene1 = colnames(macierz)[ ind[,"col"] ],

  gene2 = colnames(macierz)[ind1[,"col"]]

)


jednak tutaj nie zgadza się liczba indeksów, oraz

genes= matrix(data=NA, nrow=0, ncol=0)

for(i in 1:ncol(macierz)) {

  for(j in 1:nrow(macierz)) {

    if (is.null(macierz)| is.na(macierz)| is.nan(macierz)){

    move on

  }

  else{

    genes[n,k]=matrix()


a tutaj nie wiem co wpisać w pętli 'if', czy ktoś byłby w stanie mi pomóc? :)Ten post został edytowany przez Autora dnia 17.04.17 o godzinie 16:58
Link do wypowiedziLink