Temat: funkcja w r

czy ktos moze mi pomoc, potrzebuje funkcje ktora w kazdym kroku liczy to samo tylko dla innego czasu times<-c(4,7,10,13,16,20)
to co jest w srodku funkcji jest napewno dobrze, to dziala jak robie recznie, ale chce zeby w kazdym kroku bylo liczone to samo dla roznych timeMax
cos w tym stylu,ale to nie dziala:

funtime <- function(timeMax){

statAmmo <- as.data.frame(t(get.stats("AmmoS", ds, timeMax)))
names(statAmmo) <- c("ID", "s1Ammo", "BetaAmmo", "SurvT", "Grp")

statKreat <- as.data.frame(t(get.stats("KreatinineS", ds, timeMax)))
names(statKreat) <- c("ID", "s1Kreat", "BetaKreat", "SurvT", "Grp")

statBili <- as.data.frame(t(get.stats("BilitotaalS", ds, timeMax)))
names(statBili) <- c("ID", "s1Bili", "BetaBili", "SurvT", "Grp")

agg[paste"timeMax"]<-cbind(statAmmo[,4:5],statAmmo[,1:3],statKreat[,2:3],statBili[,2:3])
agg[paste"timeMax"]$status <- 1
}

agg.res <- sapply(times,funtime)

Temat: funkcja w r

Sprecyzuj, co masz na myśli mówiąc "nie działa". Konkretnie co jest nie tak?

Jest taka zasada na forach poświęconych programowaniu, w tym na forach poświęconych R:
provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.

Każdy z nas powinien móc powtórzyć wszystkie kroki, które Ty wykonujesz u siebie. Do tego potrzebna jest lista pakietów, które trzeba załadować/doinstalować, przykładowe dane (kod je generujący albo w postaci CSV), źródła Twoich własnych funkcji albo wyniki ich działania. Inaczej trudno Ci będzie pomóc.

1. w tym kodzie, w miejscu "agg[paste"timeMax"]" usuń "paste", albo uzupełnij zapis.

2. co to za zmienna agg? Zapewne tablica, więc powinnaś ją wpierwzadeklarować funkcją array("wypełniacz", rozmiar tablicy)

3. funkcja "funtime" zostanie wywołana przez sapply dla każdego elementu wektora timeMax, więc zobaczy pojedynczą liczbę.

A to oznacza, że jeśli chcesz indeksować tablicę wartościami wektora timeMax (co oznacza mnóstwo pustych komórek w środku!), to musisz jej deklarację wynieść przed funkcję i przed sapply, a przypisanie do tablicy wykonać operatorem przypisania globalnego "<<-" zamiast "<-"

agg <- array(0, length(timeMax));
funtime <- function(timeMax){ ...... agg[timeMax] <<- cośtam }
sapply(....)

Ale nie polecam tej drogi, bo to straszne marnotrawstwo. Chyba, że miałaś inną intencję i indeksowałaś nie czasem (wartością liczbową), a literałami:

Albo inaczej - nie przypisuj wartości do tablicy ręcznie, tylko przypisz wynik działania sapply do zmiennej, co utworzy automatycznie wektor wartości, a potem tylko nadasz jego elementom nazwy przez *names korzystając z zawartości wektora timeMax.

(nie wiem, co zwraca Twoja funkcja get_stats(), więc przyjąłem ramki danych wypełnione jedynkami - widać o co chodzi).

funtime <- function(timeMax) {

wynik <- cbind(statAmmo[,4:5],statAmmo[,1:3],statKreat[,2:3],statBill[,2:3])

wynik$status <- 1

wynik

}



( zmienna <-  sapply(times,funtime) )

( colnames(zmienna) <- times )

> zmienna

         4 7 10 13 16 20

SurvT    1 1 1  1  1  1 

Grp      1 1 1  1  1  1 

ID       1 1 1  1  1  1 

s1Ammo   1 1 1  1  1  1 

BetaAmmo 1 1 1  1  1  1 

s1Ammo   1 1 1  1  1  1 

BetaAmmo 1 1 1  1  1  1 

s1Ammo   1 1 1  1  1  1 

BetaAmmo 1 1 1  1  1  1 

status   1 1 1  1  1  1 

Adrian Olszewski edytował(a) ten post dnia 05.07.12 o godzinie 17:42

Temat: funkcja w r

Dzieki Adrian za odpowiedz, oto moj problem szczegolowiej:
mam takie zbior danych (ds) podaje pierwsze 30 rzedow:
ds
X Rat Tijd HE MAP Ammo Kreatinine AST Bilitotaal Hb Lact gr pre.treat HPPS survtime
1 1 2 0.0 0.0 115 41 25 110 2 15.3 1.8 1 0 1 11.0
2 2 2 0.5 1.0 108 188 27 220 3 15.0 2.7 1 0 1 11.0
3 3 2 1.0 1.0 89 276 29 1050 3 12.6 3.7 1 0 1 11.0
4 4 2 1.5 2.5 88 625 34 6420 4 13.2 6.0 1 0 1 11.0
5 5 2 2.5 3.0 99 585 43 15580 5 11.5 2.0 1 0 1 11.0
6 6 2 3.5 3.0 107 570 44 18380 6 11.0 2.1 1 0 1 11.0
7 7 2 4.5 3.0 119 625 47 21210 7 11.3 3.0 1 0 1 11.0
8 8 2 5.5 4.0 125 765 51 23640 10 11.6 4.0 1 0 1 11.0
9 9 2 6.5 4.0 135 895 55 23970 15 11.2 4.2 1 0 1 11.0
10 10 2 7.5 4.0 133 985 58 23280 18 10.9 4.9 1 0 1 11.0
11 11 2 8.5 4.5 146 960 66 23240 22 10.5 5.7 1 0 1 11.0
12 12 2 9.5 4.0 146 980 78 21380 24 10.1 7.2 1 0 1 11.0
13 13 2 10.5 4.0 144 1270 97 18220 24 10.8 11.7 1 0 1 11.0
14 14 3 0.0 0.0 108 107 15 30 1 10.2 2.2 1 0 1 8.2
15 15 3 0.5 1.0 94 158 27 160 2 14.4 4.5 1 0 1 8.2
16 16 3 1.0 0.5 94 177 23 440 2 10.8 3.7 1 0 1 8.2
17 17 3 1.5 1.0 92 209 30 2220 4 13.5 4.0 1 0 1 8.2
18 18 3 2.5 1.5 101 448 38 13430 7 13.5 2.9 1 0 1 8.2
19 19 3 3.5 2.0 120 484 39 21290 8 13.3 2.6 1 0 1 8.2
20 20 3 4.5 2.0 130 592 44 30560 10 14.0 3.0 1 0 1 8.2
21 21 3 5.5 4.0 133 850 42 30520 10 13.9 3.7 1 0 1 8.2
22 22 3 6.5 5.0 132 912 58 37580 15 13.7 8.1 1 0 1 8.2
23 23 3 7.5 5.0 160 1144 81 37590 21 13.3 10.1 1 0 1 8.2
24 24 4 0.0 0.0 95 85 15 80 1 11.6 2.9 1 0 1 7.1
25 25 4 0.5 1.0 93 472 23 150 2 15.8 7.2 1 0 1 7.1
26 26 4 1.0 1.0 93 700 29 850 3 16.3 6.4 1 0 1 7.1
27 27 4 1.5 2.0 93 816 35 4340 4 14.9 5.7 1 0 1 7.1
28 28 4 2.5 2.5 103 952 41 9460 5 13.8 3.6 1 0 1 7.1
29 29 4 3.5 2.5 108 808 58 18690 6 13.6 3.6 1 0 1 7.1
30 30 4 4.5 3.0 117 1120 60 23270 7 13.2 2.9 1 0 1 7.1
......
potem robie:
#funkcja liczaca lm model:
get.stat <- function(ratid, varname, ds.time){
ratValues <- subset(ds.time, Rat==ratid)
varVals <- ratValues[,varname];
varTimes <- ratValues$Tijd
if(sum(!is.na(varVals)) < 2) {return(c(ratid, NA, NA, ratValues$survtime[1], ratValues$gr[1], ratValues$pre.treat[1], ratValues$HPPS[1] ))}
lmmodel<-lm(varVals ~ varTimes)
return(c(ratid, lmmodel$coeff[1], lmmodel$coeff[2], ratValues$survtime[1], ratValues$gr[1], ratValues$pre.treat[1], ratValues$HPPS[1]))}

#funkcja dajaca zbior do analizy:
get.stats <- function(varname, ds, timeMax){
ds.time <-subset(ds, Tijd < timeMax, select=c("Rat", "Tijd", varname, "gr", "pre.treat", "HPPS", "survtime"))
return(sapply(unique(ds.time$Rat), get.stat, varname, ds.time))}

i potem robiac recznie, podajac np: timeMax<-4
moge policzyc:

statAmmo <- as.data.frame(t(get.stats("AmmoS", ds, timeMax)))
names(statAmmo) <- c("ID", "s1Ammo", "BetaAmmo", "SurvT", "Grp", "Pre.treat", "Hpps")

statKreat <- as.data.frame(t(get.stats("KreatinineS", ds, timeMax)))
names(statKreat) <- c("ID", "s1Kreat", "BetaKreat", "SurvT", "Grp", "Pre.treat", "Hpps")

statBili <- as.data.frame(t(get.stats("BilitotaalS", ds, timeMax)))
names(statBili) <- c("ID", "s1Bili", "BetaBili", "SurvT", "Grp", "Pre.treat", "Hpps")

i te wyniki zebrac w agg:

agg4<-cbind(statAmmo[,4:7],statAmmo[,1:3],statKreat[,2:3],statBili[,2:3],statHb[,2:3],statHE[,2:3],statMAP[,2:3],statAST[,2:3],statLact[,2:3])
agg4$status <- 1

i potem to samo robie dla timeMax<-7 i wyniki zbieram w:
agg7<-cbind(statAmmo[,4:7],statAmmo[,1:3],statKreat[,2:3],statBili[,2:3],statHb[,2:3],statHE[,2:3],statMAP[,2:3],statAST[,2:3],statLact[,2:3])
agg7$status <- 1

chodzi mi o to zeby zrobic taka funkcje ktora policzy to automatycznie dla roznych timeMax i wyniki za kazdym razem zapisze w innym agg[timeMax]

mam nadzieje ze to jakos wyjasnilam lepiej, mam nadzieje ze bedziesz mogl mi pomoc, z gory wielkie dzieki

Temat: funkcja w r

.Kamil Bęczyński edytował(a) ten post dnia 09.07.12 o godzinie 14:11

Temat: funkcja w r

Dzieki Adrian za odpowiedz, moja wiedza na temat R chyba jednak nie jest wystarczajaca by to zrobic. Mimo wszysto dzieki wielkie.