Jeżeli chodzi o podprojekty to można zastosować strukture projekt -> moduły i wtedy nie ma z tym problemu.
Mi podoba sie upożądkowana struktura projektu, ponieważ różne osoby mają różne przyzwyczajenia do trzymania w różnych katalogach, źróde, resourców czy testów a Maven niejako wymusza pewną stałą struktóre (choć zapewne można ją konfigurawać, ja nie próbowałem).
Dobrą funkcją jest budowanie repozytorium z bibliotekami oraz "dociąganie" automatyczne bibliotek. Chociaż biblioteki sun'a np. javaee.jar zwykle i tak trzeba dodawać ręcznie. Ale to i tak wielki plus Mavena.
To co osobiscie mi przeszkadza to fakt iż IDE gwarantują dość przeciętny support. Sprawdzałem pod tym względem Eclipse oraz Intellij IDEA'e. W IDEA'i ten support jest strasznie kiepski ogranicza się do paru w miarę aktualnych wtyczek umożliwiających odpalanie tasków Mavenowych lub zarządzanie zależnościami (działa kiepsko). W Eclipse ten support jest nieco lepszy ale nadal są pewne niedociągnięcia. Otórz nie można ściągnąć z serwera kontroli wersji projektu (bez plików projektu Eclipsowych) i zaimportować w prosty sposób go do workspace'a. A przecież pliki POM zwierają wszystkie potrzebne informacje, o classpathach, o bibliotekach, o resourcach itd. Dlaczego żadne znane mi IDE nie może obejść się bez swoich plików projektu ? i bazować na plikach POM ?
Wiadomo że można wygenerować odpowiednie pliki projektu dla idei czy eclipse'a, ale nadal gdy coś w tych IDE wyklikamy będziemy musieli dodać to potem ręcznie do POM'a więc w efekcie mamy więcej roboty...
Myśle że MAven bardzo zyskał by na popularności gdyby IDE dawały mu lepszy support, no i wtedy każdy mógłby pracować na takim IDE jakie lubi. Ale może się rozmarzyłem :)